依公務人員加給給與辦法第5條之1規定准予補足差額有案者，其代理主管職務之情形，如符合各機關職務代理應行注意事項及公務人員加給給與辦法第12條規定，則其代理主管職務期間，得依公務人員加給給與辦法第12條規定支領主管職務加給；又代理期間之俸給總額(本俸、專業加給及代理主管職務之主管職務加給)如較其配合機關組織調整前1日按所任職務官職等級支領之俸給總額為高者，應停止發給其待遇差額，俟其解除代理後，再依公務人員加給給與辦法第5條之1規定補足待遇差額；惟代理期間，其原補足之差額仍應隨同待遇調整而併銷。